Este tipo de evaluación generalmente es llevado por terceros que pertenecen a una organización y basan su operación en la norma ISO 9001, además cuentan con un diagnóstico imparcial y serán los encargados de las fases a llevar durante este tiempo, como son:

• La planificación: El primer paso para toda auditoría es contar desde el principio con una gran planificación, en esta etapa es donde se conocerán los procesos y se evaluarán, de esta forma determinarán los puntos fuertes y las posibles fallas dentro de cualquier unidad que se tenga.
• Identificar errores: Una vez que se conocieron los procedimientos y encontraron fallas dentro de la misma, se analizará su causa, ya sea por mala función de maquinaria, capacitación de los trabajadores o hasta un déficit de comunicación. sin importar el tipo que sea, en este punto quedará determinado cuál es o cuáles son.
• Controles internos: La administración de la empresa a la que se le está haciendo la auditoría de procesos, responde para mitigar los riesgos que tienen o puedan tener, y con esto la organización externa se enfoca en una estrategia a realizar, aplicada a la información financiera, de operaciones y hasta de todas las cuestiones que tienen que ver con la parte legal.
• Las pruebas: Una vez que se pone en marcha el cambio, el siguiente paso a seguir es probar los cambios que se han hecho a los controles internos, con esto se asegura de las fallas y problemas que existían antes han desaparecido o bien, se pueden todavía evitar, antes de seguir con los procesos. Una suma de evaluaciones tanto de observación, física o hasta de seguridad, son checadas minuciosamente para determinar el visto bueno y su validación.
• Supervisión: Otro elemento que en raras ocasiones se llega a olvidar o se deja de hacer, es cuando una vez terminados los anteriores puntos, se creé erróneamente que esto ha terminado. Aunque es un hecho que se alcanzó con éxito la auditoría de procesos, esta debe continuar dentro de una supervisión periódica donde se asegure una mejora continua.